Μετά την ολοκλήρωση των τεσσάρων πρώτων φάσεων, η κλήρωση την ερχόμενη Τετάρτη (2 Οκτωβρίου, 12:00 μ.μ.) στο ξενοδοχείο Athens Marriott θα ολοκληρώσει το πανόραμα της διοργάνωσης γεμίζοντας τα κενά ζευγάρια από τη φάση των 16 έως τον τελικό.
Κατά την κλήρωση, εκτός από τα ζευγάρια της φάσης των «16», θα επιλεγούν τα ζευγάρια της προημιτελικής και ημιτελικής φάσης, ενώ η σειρά των φιναλίστ του τελικού της διοργάνωσης, που πρέπει να γίνει την Θα καθοριστεί η 17η Μαΐου 2025 στο ΟΑΚΑ.
Οι ομάδες που θα συμμετάσχουν στην κλήρωση είναι: ΠΑΟΚ, Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός, ΑΕΚ, Άρης, ΟΦΗ, Πανσερραϊκός, Καλλιθέα, Βόλος, Ατρόμητος, Παναχαϊκή, Αιγάλεω, Πανιώνιος, Κηφισιά, Ζάκυνθος, ο νικητής του αγώνα Αιγαία – Πλωμάρι Αστέρας Τρίπολης.
Το τελευταίο εισιτήριο της φάσης των «16» θα καθοριστεί μετά τον αγώνα της 4ης φάσης μεταξύ του Αστέρα και του νικητή του ζευγαριού Γ’ φάσης Αιγαίο Πλωμαρίου-Καβάλα (02/10/2024, 3:00 μ.μ.).
Οι αγώνες από τη φάση των 16 έως τα ημιτελικά είναι διπλοί (εντός και εκτός έδρας), το εκτός έδρας γκολ δεν ισχύει και σε περίπτωση δύο πανομοιότυπων αποτελεσμάτων, στη 2η αγωνιστική δίνεται παράταση μισής ώρας και εφόσον υπάρχει δεν είναι νικητής, εκτελούνται πέναλτι.
